Одним из основных направлений деятельности Национального экологического центра является защита поверхностных вод. 

Водные ресурсы Республики Молдова представлены поверхностными и подземными водами. Поверхностные воды, состоящие из небольших рек и озер, являются неотъемлемой и чрезвычайно ценной частью природной среды Республики Молдова. Гидрографический бассейн Республики Молдова представлен 3621 реками и ручьями, в том числе 7 протяженностью более 100 км, еще 247 - протяженностью более 10 км, 57 озерами с поверхностью 62,2 км2 воды и около 3000 прудов и водохранилищ, с объемом 1,8 км3 и поверхностью водного зеркала 333 км2. В Республике Молдова насчитывается 82 искусственных водохранилища, крупнейшими из которых являются Костешть-Стынка на реке Прут (735 млн. М3 воды) и Дубэсары на реке Днестр (277,4 млн. М3 воды). Эти данные представляют собой одну из важных предпосылок, необходимых для управления водными ресурсами и надлежащего поддержания экологических условий, наличия системы наблюдения, предоставления информации о количестве, качестве, состоянии, динамике, взаимодействиях в пространстве и времени, прогнозирования ухудшения или улучшения их качества, и так далее.

Все водные объекты: реки, каналы, озера, водохранилища и пруды считаются поверхностными водами и считаются национальным достоянием Республики Молдова. Закон о воде №. 272 от 23.12.2011 г., статья 5 предусматривает следующее: Управление водными ресурсами предусматривает, что гидрографический район является основной единицей управления речными бассейнами и соответствующими подземными водами; суббассейны, в свою очередь, разграничены по районам. Постановление Правительства № 775 от 04.10.2013 относительно границ речных бассейнов и районных суббассейнов и специальных карт, в которых они определены, действующих на основании Закона о воде №. 272 от 23.12.2011 г. разграничивает границы двух гидрографических районов: Прут и Днестр. В эти гидрографические районы включены 4 гидрографических бассейна: Дунай, Черное море, Прут и Днестр. В этих гидрографических бассейнах, в свою очередь, выделяются 39 гидрографических суббассейнов: Сарата, Хагидер, Чиргиш-Китай, Катлабух, Кагул, Раковэц, Вилия-Лопатник, Каменка, Кэлдэруша, Шовэц, Делия, Братулянка, Варшава, Нырнова, Сэрата, Чухур, Чёрна-Резина, Раковец-Санэтэука-Алчедар, Рыбница-Ягорлык, Рэут, Старый Днестр-Штюбей-Лиман, Окница-Окна, Икел, Сухой Ягорлык-Комарова, Ботна, Бэлцата-Шерпень, Бык, Наславча-Василкэу, Колотков-Кучурган, Днестр, Лэпушна, Фрумоаса-Крихана, Алкалия, Гырла Маре-Шэлтоая, Ларга, Тигечь, Сахарна-Жидаука, Когылник, Ялпуг.