Una din activităţile de bază ale Centrului Naţioanal de Mediu ţine de protecţia apelor de supafaţă.
Districtul Hidrografic Nistru Districtul Hidrografic Dunăre-Prut și Marea Neagră
Resursele acvatice ale Republicii Moldova sunt prezentate prin apele de suprafaţă şi cele subterane. Apele de suprafaţă, constituite în temei din râuri mici şi lacuri, sunt o parte indispensabilă şi extrem de preţioasă a mediului natural al Republicii Moldova. Bazinul hidrografic al Republicii Moldova este reprezentat prin 3621 rîuri şi rîuleţe, inclusiv 7 cu lungimea de peste 100 km, alte 247 – peste 10 km, 57 de lacuri cu suprafaţa oglinzii apei de 62,2 km2 şi circa 3000 iazuri şi bazine de acumulare, cu un volum de 1,8 km3 şi suprafaţa oglinzii apei de 333 km2 . Republica Moldova dispune de 82 bazine artificiale de apă, cele mai mari fiind Costeşti-Stînca pe r.Prut (735 mln.m3 apă) şi Dubăsari pe r.Nistru (277,4 mln.m3 apă). Aceste date reprezintă una dintre premisele importante necesare pentru gestiunea resurselor acvatice şi menţinerea adecvată a stărilor ecologice, existenţa unui sistem de supraveghere, furnizarea informaţiei privind cantitatea, calitatea, starea, dinamica, interacţiunile în spaţiu şi în timp, predicţia înrăutăţirii sau îmbunătăţirii calităţii acestora, etc.
Toate obiectele acvatice: rîurile, canalele, lacurile, lacurile de acumulare și iazurile sunt considerate ape de suprafață și sunt considerate proprietatea națională a Republicii Moldova. Legea Apelor nr. 272 din 23.12.2011, articolul 5 prevede următoarele: Managementul resurselor de apă prevede că districtul hidrografic este unitatea principală pentru gestionarea bazinelor hidrografice și a apelor subterane asociate acestora; sub-bazinele, la rîndul lor, sunt delimitate în districte. Hotărîrea de Guvern nr. 775 din 04.10.2013 cu privire la hotarele districtelor bazinelor şi subbazinelor hidrografice şi hărţile speciale în care sunt determinate, acţionînd în baza Legii apelor nr. 272 din 23.12.2011, a delimitat hotarele a două districte hidrografice: Prut şi Nistru. În cadrul acestor districte hidrografice sunt incluse 4 bazine hidrografice: Dunăre, Marea Neagră, Prut şi Nistru. În aceste bazine hidrografice, se disting, la rîndul său 39 de sub-bazine hidrografice: Sărata, Hagider, Chirghiş-Chitai, Catlabuh, Cahul, Racovăţ, Vilia-Lopatnic, Camenca, Căldăruşa, Şovăţ, Delia, Bratuleanca, Varşava, Nîrnova, Sărata, Ciuhur, Ciorna-Rezina, Racovăţ-Sănătăuca-Alcedar, Rîbniţa-Iagorlîc, Răut, Nistrul Vechi-Ştiubei-Liman, Ocniţa-Ocna, Ichel, Iagorlîcul Uscat-Comarova, Botna, Bălţata-Şerpeni, Bîc, Năslavcea-Vasilcău, Colcotov-Cuciurgan, Nistru, Lăpuşna, Frumoasa-Crihana, Alcalia, Gîrla Mare-Şoltoaia, Larga, Tigheci, Saharna-Jidauca, Cogîlnic, Ialpug.