Согласно Закону о воде, эффективное управление водными ресурсами Республики Молдова осуществляется на основе районов речного бассейна. Район речного бассейна является основной единицей управления речными бассейнами и связанными с ними подземными водами. Районы речных бассейнов в Республике Молдова:
1. район бассейна реки Днестр;
2. Дунайско-Прутский и Черноморский бассейновые районы.
Для каждого района речного бассейна правительство сформировало комитет, в состав которого вошли представители органов центрального и местного публичного управления, комитетов суббассейнов, ассоциаций водопользователей, гражданского общества и научного общества.
Так, Постановлением Правительства № 250 от 3 апреля 2014 года об утверждении номинального состава комитетов районов речных бассейнов созданы комитеты районов бассейнов рек Днестр и Дунай-Прут-Черное море сроком на 6 лет.
Первое заседание Комитета Днестровского бассейна было организовано Министерством окружающей среды в июле 2014 года.
18 июля 2017 года Агентство «Апеле Молдовей» организовало второе заседание комитета бассейна реки Днестр.
В повестке дня встречи обсуждались два вопроса:
1. Презентация планов управления бассейном реки Днестр, соответственно, Дунай-Прут и Черное море и задачи комитетов; представление предложений о работе комитетов и реализации мер, предусмотренных в планах управления.
2. Презентация мероприятий, проводимых в настоящее время в границах бассейновых районов.
Члены комитетов выступили с предложениями о внесении изменений в Постановление Правительства № 867 от 01.11.2013 г. об утверждении Типового регламента о создании и функционировании районного бассейнового комитета, с тем чтобы Комитет имел право принимать решения в своей деятельности.

1 ноября 2019 года Кабинет Министров утвердил изменение постановления правительства, которое предусматривает утверждение Типового регламента, касающегося формирования и функционирования районного бассейнового комитета.
Целью предлагаемых изменений является повышение значимости Комитета при принятии решений, касающихся управления водными ресурсами на уровне гидрографического района, а также придание ему полномочий и некоторых атрибутов, взятых из опыта бассейновых комитетов / комиссий Европейского союза.
Проект изменяет процедуру утверждения номинального состава, дополняет структуру Положений Комитета, изменяет срок полномочий руководства и членов комитета, повышает ответственность членов и вводит Технический секретариат.
Таким образом, номинальный состав Комитета будет утвержден приказом, подписанным министром, и пока Постановлением правительства в структуру Постановления включены новые элементы принятия решений, касающиеся использования воды, землепользования, защиты и улучшения водных и лесных экосистем на районном уровне. В гидрографическом плане срок полномочий руководства и членов комитета был сокращен с 6 до 4 лет, а постоянный технический секретариат будет предоставлен Агентством по водным ресурсам Молдовы.
Конечной целью предлагаемых изменений является использование комитетов в качестве платформы для диалога и в качестве инструмента для улучшения управления водными ресурсами.