Сonform Legii apelor gestionarea eficientă a resurselor de apă ale Republicii Moldova se efectuează în baza districtelor bazinelor hidrografice. Districtul bazinului hidrografic este principala unitate de gestionare a bazinelor hidrografice şi a apelor subterane asociate lor. Districte ale bazinelor hidrografice în Republica Moldova sunt:

1. districtul bazinului hidrografic Nistru; 
2. districtul bazinului hidrografic Dunărea-Prut şi Marea Neagră.

Pentru fiecare district al bazinului hidrografic, Guvernul a format câte un comitet, în a cărui componență intră reprezentanți ai autorităților administrației publice centrale şi locale, ai comitetelor subbazinale, ai asociațiilor utilizatorilor de apă, ai societății civile şi societății științifice.

Astfel prin Hotărârea Guvernului nr.250 din  03 aprilie 2014 cu privire la aprobarea componenței nominale a comitetelor districtelor bazinelor hidrografice, au fost create Comitetele districtelor bazinelor hidrografice Nistru și Dunăre-Prut-Marea Neagră, pentru o perioadă de 6 ani.

Prima ședință a Comitetului districtului hidrografic Nistru a fost organizată de către Ministerul Mediului în luna iulie 2014.

La data de 18 iulie 2017 Agenția „Apele Moldovei" a organizat a doua ședință a Comitetului districtului bazinului hidrografic Nistru.

În Ordinea de zi a ședințelor au fost puse două întrebări:

1. Prezentarea Planurilor de Gestionare a Districtului bazinului hidrografic Nistru, respectiv Dunărea-Prut şi Marea Neagră; sarcinile și atribuțiile Comitetelor; înaintarea propunerilor cu privire la activitatea Comitetelor și implementarea măsurilor din Planurile de Gestionare.

2. Prezentarea activităților desfășurate în prezent în limitele Districtelor bazinelor hidrografice.

Membrii Comitetelor au ieșit cu propuneri de modificare a Hotărârii Guvernului nr.867 din 01.11.2013 pentru aprobarea Regulamentului-tip privind modul de constituire şi de funcţionare a comitetului districtului bazinului hidrografic, astfel ca Comitetul să aibă dreptul decizional în activitatea sa.

La 1 noiembrie 2019 Cabinetul de miniștri a aprobat, modificarea Hotărârii de Guvern ce prevede aprobarea Regulamentului-tip privind modul de constituire și de funcționare a comitetului districtului bazinului hidrografic.

Scopul modificărilor propuse este de a spori importanța Comitetului în luarea unor decizii ce țin de gestionarea resurselor de apă la nivel de district hidrografic, dar și a-i oferi împuterniciri și unele atribuții preluate din experiența Comitetelor/Comisiilor bazinale din Uniunea Europeană.

Proiectul modifică procedura de aprobare a componenței nominale, completează structura Regulamentului Comitetului, modifică termenul mandatului conducerii și membrilor comitetului, sporește responsabilitatea membrilor, precum și introduce Secretariatul tehnic.

Astfel, componența nominală a Comitetului va fi aprobată  printr-un Ordin semnat de ministru, până în prezent fiind prin Hotărâre de Guvern, structura Regulamentului include elemente noi decizionale privind utilizarea apelor, folosirea terenurilor, protecția și îmbunătățirea ecosistemelor acvatice și silvice la nivel de district hidrografic, termenul mandatului conducerii și membrilor comitetului a fost micșorat de la 6 la 4 ani, iar Secretariatul tehnic permanent va fi asigurat de Agenția Apele Moldovei. 

Scopul final al modificărilor propuse este utilizarea Comitetelor ca platformă pentru dialog și instrument de instrument de îmbunătățire a gestionării  resurselor de apă.